现阶段存在的问题主要有：
认识问题
认识是第一位的，没有认识提高就不可能产生行动上的积极性，当然也就不可能取得较好的效果，不少人没有认识到信息系统能把企业管理得井井有条，可以为领导提出很有价值的辅助决策信息，而且在速度和准确方面比人做得更好。
高层对企业信息化的认识不够正确和充分
有些条件较好的企业满足于眼前的状况，认为不提高信息化建设，企业照样能搞好，因此，对企业的信息化建设重视程度不够。有些企业的高层领导在企业信息化初期，对信息技术抱较高期望，希望通过企业信息化获得较高效益，结果一旦看到投资费用增多，而效益又未见明显提高便丧失信心。高层领导不能用长远眼光来看待问题，急功近利，不利于信息化建设的继续发展。
一部分管理人员在长期的管理实践中有丰富的经验，他们往往看重自己的主观认识，抱残守缺，不愿意主动分析吸收新的管理方法和先进的管理手段，信息化对他们的地位构成巨大的威胁;积极倡导者由于传统习惯思维，继续沿用过时的管理思想或过时的管理手段，需要学习的不是简单的操作方法，而是获得分析、决策信息的管理理念;专业技术人员正由于现代技术的不断增长的复杂性变得越来越狭窄，面对在总体上缺乏协调和相互联系，系统在宏观上处于支离破碎的局面而影响了总体效益的现实，技术人员处于多种制约和局限性中不能自拔。
在组织的战略制订中产生两个极端：将信息系统视为组织的战略目标;将信息系统独立于组织战略之外
一方面，组织错误地将信息系统看成组织的战略目标。于是大量的时间、精力、对策花在如何使这一“目标”的大致完备，信息的投入变本文来源于文秘知音网站得越来越庞大，而组织并未获得实现公司战略要求的在保持规模和效益的前提下应对未来挑战的灵活性和快速反应能力，甚至于一些公司陷入了经营困境。
另一方面,信息系统的应用与组织的管理战略之间出现诸多不协调的发展,产生单项应用多,而缺乏整体效益。虽然在计算机管理信息系统开发和应用实施方面作了大量工作,花费了大量的资金,在单项应用上取得了一定成效,但没有产生应有的经济效益，相反地构筑了无数个“信息孤岛”,没有实现信息的交流和共享,产生的却是巨大的负效益,使组织承受高额的风险代价。
实际上,从管理的角度来看,信息技术的应用应该是用来满足管理的需要,信息技术也将提高管理水平;从技术角度看,管理要纳入信息系统的规范运作,先进的管理思想不断融入信息系统中。
中小企业信息化在实施中充满艰辛
实施一套信息系统是一项涉及面广、周期长、风险大的系统工程。中小企业要实施信息化,同样要投入大量的人力、物力和财力,要引进和留住高级IT人才很困难,不易具备建立企业信息系统项目组的条件,缺乏完备的项目管理体制和运作机制,没有管理顾问对项目进行监理,这些都是影响项目成功的关键。
信息技术的低层次应用和不饱和应用
企业因为某一方面的应用需要而购买一套功能无所不包的信息系统,但由于自身的使用水平跟不上信息技术的发展,信息系统的功能还未得到利用。这种情况有时并不是因为企业的盲目购买,而可能是因为供企业挑选的余地不大,或是企业出于前瞻性考虑。问题则在于任何那些未被使用的功能都处于快速贬值状态或已经成为沉没成本。
企业信息化过程中的管理重组落后
信息化建设的实质是为了提高企业竞争力而进行的更高层次上的管理重组,我国大多数企业投入较多资金进行信息化建设,更多的是注重设备上的投资和技术上的更新,而忽视了与此相应的管理模式方式上的转变,因而,并未取得投资回报，甚至出现负效益，这是企业信息化建设不成功的一个主要原因。
信息资源基础不能适应建设需要
有的企业信息资源基础不统一、不一致。信息采集渠道较单一，缺少灵活性，使得信息来源不够全面，传输渠道不够畅通，更难以对采集的信息
