与通常的CDM项目规则相比，碳汇CDM项目规则在以下三个方面特别有别于常规CDM项目：
（1）非持久性问题。非持久性是指汇项目所产生的碳汇不能够被永久固定，需要寻找一种办法解决这一问题。这是碳汇项目有别于能源项目的最突出的特点，也是谈判的核心问题之一。通过谈判，提出了两种解决非持久性的方案：签发“tCER” (temporary CER即临时CER)，或者签发LCER (long-term CER即长期CER)。tCER和LCER的主要区别有以下3点：
一是有效期不同：tCER 的失效日期定为签发tCER 所在承诺期的下一个承诺期期末；而LCER的失效日期定为项目碳计量期结束日期；如果项目碳计量期更新，则LCER的失效日也相应调整为最后一个碳计量期的结束时间；
二是计算应签发碳信用额数量的方法不同：在tCER情况下，应签发的tCER数值相当于自项目开始以来项目产生的经核实的温室气体人为汇净清除量；据了解，在LCER 情况下：如果自前一次核查报告以来温室气体人为汇净清除量增加，则申请签发的LCER数量相当于自前一次核查以来项目产生的新增的经核实的温室气体人为汇净清除量；如果自前一次核查报告以来温室气体人为汇净清除量减少，则应向清洁发展机制执行理事会报告，说明自前一次核查以来项目发生了的温室气体人为汇净清除量出现逆转，同时，清洁发展机制执行理事会应据此采取相应的行动；
三是应被替换的条件不同：tCER只有在过期的情况下才应该被替换，并且可以用AAUs, CERs, ERUs, RMUs或者tCERs来替换；LCER在三种情况下应该被替换：过期、固碳发生了逆转或者没有按时提交核查报告，同时，LCER只能用AAUs, CERs, ERUs或者RMUs替换。
（2）项目碳计量期。碳计量期的长短影响项目产生碳汇的数量，因此发达国家强调应设立较长的碳计量期以保证长期的环境效果，一些国家提出的期限甚至长达100年以上，一些南美国家为了增加碳汇项目的吸引力也支持较长的碳计量期。但是，因为计量期的长短也与发展中国家的领土主权问题相关，因此，相当多的发展中国家包括中国、巴西提出要求设定较短的碳计量期。目前的规则决定设立两种项目碳计量期方案：第一种方案是最长为20年，最多可更新2次，同时每次更新时应由经营实体核实原项目基准线是否仍然有效；或者已经根据新的数据进行了更新，并将核实报告报清洁发展机制执行理事会；第二种方案是最长为30年，在项目执行期间，项目基准线不变。
（3）小型碳汇项目。是否为碳汇CDM汇项目设立可采用简化程序的小项目以及如何定义小项目，一直是碳汇CDM项目谈判的焦点问题之一。经过多次长时间的谈判，最终形成的碳汇CDM小项目定义为：“清洁发展机制之下的小规模造林或再造林项目活动”是指“预计每年形成温室气体人为汇净清除量少于8千吨CO2的项目活动，并且这些项目活动是由符合东道国所规定的低收入标准的社区或个人进行开发或实施的；如果清洁发展机制之下的某个小规模造林或再造林项目活动每年形成温室气体人为汇净清除量大于8 千吨CO2，则超出的清除量不得作为tCER 或LCER 发放”。同时，会议还决定邀请各缔约方于2004年2月28日以前向秘书处提交关于清洁发展机制之下小规模造林和再造林项目活动简化模式和程序的意见；请各缔约方于2004年2月28日以前向秘书处提交关于如何促进执行清洁发展机制之下小规模造林和再造林项目活动简化模式和程序的意见；气候变化公约秘书处将根据各方提交的意见和执行理事会的有关工作，编制一份关于清洁发展机制之下小规模造林和再造林项目活动简化模式和程序的技术文件，在2004年6月的气候公约附属科技咨询机构会议上进行审议；附属科技咨询机构应在2004年12月召开的气候变化公约缔约方会议第十次会议上，提交关于清洁发展机制之下小规模造林和再造林项目活动的简化模式和程序的决定草案，以及提交关于促进执行清洁发展机制之下小规模造林和再造林项目活动措施的决定草案，供缔约方会议审议通过。
