3月17日上午，十三届全国人大一次会议第五次全体会议通过了关于国务院机构改革方案的决定(下称“方案”) 批准了该方案。
3月13日，国务委员王勇就国务院机构改革方案向大会作说明。除国务院办公厅外，国务院设置组成部门26个。王勇说，改革后，国务院正部级机构减少8个，副部级机构减少7个。
方案中，此前有媒体报道的能源部没有出现，职能调整也没有提及能源局，看似与能源领域无关。但新组建部门中，自然资源部和生态保护部均涉及了能源。
根据方案，自然资源部将国土资源部、国家海洋局、国家测绘地理信息局的职责整合，还纳入了水利部、农业部、国家林业局相关资源调查和确权登记管理职责，以及国家发改委、住建部空间规划相关职责。
生态环境部则在环保部的基础上，整合了分散在其他部门的环境保护职责：国家发改委的应对气候变化和减排职责，国土部的监督防止地下水污染职责，水利部的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，农业部的监督指导农业面源污染治理职责，国家海洋局的海洋环境保护职责。
由此看来，新组建的自然资源部涉及能源上游矿产资源(煤、石油等)开发，以及海上资源开发等。生态环境部则涉及后端的排放、监管等，如火电、炼化等企业的排放。
此前，除了环保部之外，自然资源和环境保护的职责还分散在国土部、发改委、水利部、农业部、住建部、海洋局林业局等。
全国政协委员、国土资源部副部长曹卫星在接受媒体采访时说，很多部门从之前的“分灶吃饭”到改革后“锅吃饭”，将有效提升效能。他举例说：“以前国家海洋局测绘地理信息局和国土资源部是‘分灶吃饭’，现在整合到一家来，就是‘一个锅吃饭’了，利于我们自然资源板块内部的资源整合、系统的运行、效率的提升。”
国务院组成部门调整后，组建的部门将优化机构设置和职能配置，一类事项由一个部门统筹。
例如，就气体排放而言，发改委管理二氧化碳的排放环保部管理二氧化硫等大气污染物的排放。在应对气候变化方面，发改委气候司一直致力于全国碳市场，目前全国碳市场由电力行业充当排头兵。调整后，应对气候变化和减排职责整合到生态环境部，由生态环境部统筹气体排放及应对气候变化的工作。
自然资源部和生态环境部的组建与国际上有相似之处涵盖水、大气、海洋等资源和环境保护。例如，美国环境保护署(EPA)在联邦层面下设13个办公室，包括制定大气和辐射相关规章制度的大气和辐射办公室，确保饮用水安全、保护海洋等工作的水务办公室，为废物的管理及应急处置提供政策和指导的土地与应急管理办公室等。
在统筹协调工作方面，根据方案，自然资源部统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责，着力解决自然资源所有者不到位、空间规划重叠问题。而生态环境部统一行使生态和城乡各类污染排放监管与行政执法职责。
美国的做法是，在美国总统办公室下设立美国环境质量委员会(CEQ)，监督、协调各行政部门有关环境方面的活动，包括农业部、财政部、能源部等联邦机构以及地方政府等。
新亮相的部门名单中，除了有自然资源部、国家市场监督管理总局等经过整合后的大部门，也有国际发展合作署、退役军人事务部、应急管理部和国家移民管理局等完全新设的部门，具有“国际范”。例如国际发展合作署将履行对外援助的职责，美国有国际开发署，澳大利亚有国际开发署，英国有国际发展署等相关职能的机构。
“机构改革并不是简单地撤并重组，而是完善国家治理体系的基本构架，要把改革尽快变成实实在在的红利。
北京科学学研究中心副主任伊彤代表在接受媒体采访时表示，各个涉及的部门应尽快调整到位，通过优化重组、简政放权、放管结合、强化服务，切实提升国家治理体系和治理能力的现代化水平，为实现“两个一百年”奋斗目标提供高效有力的组织保障。
