水利部门的改革，是职能调整比较频繁的，单从9月份水利部的“三定方案”来看，水利部的职能是负责保障水资源的合理开发利用，负责生活生产经营和生态环境用水的和保障，负责节水、水资源保护、水利设施建设、农村水利水电工作和水事协调、水政监察、水政执法工作。(水资源管理工作几经周折，算是保留在了水利部门。)在此次机构改革之前，水利部门就一再瘦身，渔业、海洋水产等职能相继被划出去，供排水改制为企业经营。
此次改革中，又将农田水利划归农业农村部，防汛抗旱划归应急管理部，水资源调查登记划归自然资源部，编制水功能区划拍、排污口设置管理、流域水环境保护划归生态环境部，风景名胜区划归国家林草局。同时，将三峡工程建设委员会及其办公室、南水北调工程建设委员会及其办公室并入划归水利部，与新设的调水管理司配合开展工作，水利部下设司局也由原来的17个增加到22个。
目前，省级党政机构改革方案已经有29个省市自治区获批执行，水利厅的设置与职能和部委保持一致。市县水利部门，也会根据省厅职能进行设置。县一级水利局是行政部门，下设好几个二级事业单位，包括水政监察大队、水利建设管理所、水库管理所、抗旱防汛服务队、水质检测中心、水利工程质检安监站等。
新一轮党政机构改革和事业单位分类改革中，抗旱防汛职能划转到应急管理部门，相应抗旱防汛服务队撤销;行政类职能划归水利局机关承担，水利工程质检安监站撤销;行政执法职能实行综合改革，水政监察大队撤销。机构撤销后，按照“编随事走、人随编走”的原则，行政执法人编统一整合到综合执法中心，但是抗旱防汛、质检安监事业人员却很难随职能划转到行政机关，主要原因是行政编制短缺，不能提供足够的行政编制进行置换，机关也不允许存在事业编制，出现混编现象。
职能划转后，水利局机关保留的水利建设、节水用水保障以及增加的水事协调等公益服务职能及机构暂时保留，将按照机构精简原则，统一整合成立水利综合服务中心，或者参与县区事业单位改革，按职能跨领域整合。因此，原来承担抗旱防汛和质检安监职能的人员，只能和水利建设、节水用水保障、水事协调等职能的人员一起，保留在事业单位，随职能进行整合。水质检测中心的职能属于公益二类，和各水库管理一样，剥离公益服务职能，改企经营，正式职工分流，合同制人员随企改制。
乡镇机构改革，随县局进行职能转换，各乡镇水利工作站继续保留，受乡镇与县水利局双重管理。乡镇的水利灌区也是公益二类事业单位或者自收自支，公益服务职能合并到水利站，然后改企经营，正式职工分流到水利工作站，或者乡镇其他事业单位，合同制员工随企改制。
