目前，小水电绿色化改造是一个大方向，但是由于小水电改造技术、资金方面还是有困难，有必要采取措施激励小水电向绿色发展。
国际上具有代表性的是瑞士的绿色水电认证和美国的低影响水电认证。瑞士联邦环境科学技术研究院(EAWAG)通过多年的案例研究和实践，于2001年提出了绿色水电认证的技术框架，建立了绿色水电认证的标准。满足水文特征、河流系统连通性、泥沙与河流形态景观与生境、生物群落5个目标，且有生态修复措施的水电站，每度电上可以加一定的价格进行销售，且该笔收入用于生态修复。
美国低影响水电研究所(LIHI)则提出低影响水电认证,通过识别，对采取措施将其对环境的影响降至最低程度的水电站大坝进行奖励，使其在市场上能够以“低影响水电”的标志进行营销，从而通过市场激励机制来鼓励业主采取有效措施减少水电站大坝对生态与环境的不利影啊.
其实，在2011年，环保部(现为生态环境部)本拟召开的绿色水电认证课题研讨会，因经费问题而延后,一年后会议在贵阳召开时，受邀参加的国家能源局因故未能与会。
而彼时，走“绿色水电”还是“低影响水电”存在争议。当时有水利专家向媒体透露，“低影响水电”侧重法律手续的完备，而绿色水电则侧重考量技术指标。当“绿色水电还在研讨阶段，五大发电集团就传出了反对声音。”
而后，水利部推出了“绿色小水电”方案，进行小范围试点。2016年初，中央一号文件提出“发展绿色小水电”。同年12月，水利部发布《关于推进绿色小水电发展的指导意见》，旨在推进绿色小水电的发展，并计划到2020年建立绿色小水电标准体系和管理制度，初步形成绿色小水电发展的激励政策，创建一批绿色小水电示范电站。到2030年，全行业形成绿色发展格局。
不过水利部公布的数据显示,2017年，全国仅有44座电站申报，占小水电站总数的千分之一，且申报的几乎都是国有电站。原因在于，有的小水电因为建设时间久、设施陈旧、效益低下，受到技术条作的限制，而配套激励措施缺失使得小水电业主积极性偏低。
我国也有省份给予小水电激励措施以促进小水电改造。例如淅江省金华市于2017年建立了市本级4座水库生态放水及放水后发电损益补偿机制，探索绿色小水电发展的生态补偿机制，合理补偿以生态环境保护为目的进行季节性限制运行的小水电站的发电损失。
福建也有自己的办法。2017年12月11日，福建省物价局、经信委、环保厅、水利厅四部门联合下发了《福建省水电站生态电价管理办法》，对监管范围内的水电站实施分类生态激励电价机制，对落实生态流量、改善河流水环境的小水电站实行电价奖励，反之则降低其上网电价以示怎罚。
有业内人士表小，该改可以整改，但是怎么改、改到什么程度需要指导，此外小水电效益不高，经济上也希望能够得到支持。“要改、怎么整改，我们会根据指导和要求去做，而不是就这么炸掉。”王营修有些不能理解，现在他只能到处打工。
在生态文明大环境下，对小水电的要求越来越高。刘树坤对此表示认同，他还提醒，下一步，是否会涉及对生态影响较大的中型水电站还有待关注。
