核电与水电的相同之处在于：都是不排放有害气体的清洁能源;都需要较长(5～8年)的建设周期和较大的建设投资;对电网而言，都具有很强的稳定性和可靠性;如果计入外部环境成本，二者都是经济性优于火电的廉价能源。
但基于下述原因，至少在最近10年内，我国都应当在优先开发水电的基础上开发核电：其一，核电的开发成本和运营成本明显高于水电：某核电站每千瓦的造价为1500美元(约合人民币11400元)、每千瓦时的年运行费为1.68美分(约合人民币0.128元，此为美国核能协会公布的较低值，仅含核燃料、运行与维护费用;实际上比诸其他电源，核电在计算运营成本时除了这些费用外，还应将其乏燃料管理、电厂退役和最终废物处置费用计入内部费用)，而同期水电分别约为8000元、0.04～0.09元。
其二，核电技术至今主要依靠进口，且路线分散而不成熟，核心技术会在一定时段受制于人;其三，核电存在安全性与公众接受性问题，虽然发生核泄漏的概率极低，但大规模建设核电必然增加其可能性和公众的担忧，2011年3月11日发生的日本东海大地震及其引发的核泄漏一度导致世界民众陷入核恐慌状态，许多国家因此延缓、中止或者修改了核电开发计划。其四，我国核电原料有限，在可以预见的将来必须依赖进口，这可能意味着其来源存在风险且成本很高。
其五，核电的能源转换率也是很低的：第二、第三代核电对核裂变燃料的利用率只能达到1%左右，据说第四代核电技术可以使其大幅提高，但何时能够应用尚不确定;其六，与水电相比，我国核电研究、设计、制造、建设、运营、管理等各方面的人才都严重缺乏，短期内无法满足大规模开发核电的需要。不容忽视的是，我国现有核电站上网电价普遍高于每千瓦时0.40元，因为它们要么事先就设定向香港供电、要么有政府支持。如果按火电的平均电价上网(不要说比肩水电了)，现有核电站必将陷入亏损的困境。多年来我国核电发展缓慢，主要是因为其成本明显偏高。随着技术的进步、国产化率的提高，成本会有所下降，但总体状况短期不会有根本变化。
