日前，甘肃省公开中央环境保护督察整改方案，将对位于祁连山自然保护区内的矿山企业、水电开发项目和旅游基础设施全面复核排查评估，坚决依法整改，直到问题彻底解决。
整改方案指出，今年甘肃省将停止祁连山自然保护区内的所有探采矿活动，2018年底前全面清理退出，2020年前全面消除自然保护区内矿山地质环境问题。
2016年11月30日至12月30日，中央第七环境保护督察组对甘肃省开展了环境保护督察。4月13日，中央第七环境保护督察组向甘肃省委、省政府反馈督察意见时指出，祁连山区域现有水电站150余座，其中42座位于保护区内，带来的水生态碎片化问题较为突出。
督察组还指出，祁连山国家级自然保护区内已设置采矿、探矿权144宗，2014年国务院批准调整保护区划界后，甘肃省国土资源厅仍然违法违规在保护区内审批和延续采矿权9宗、探矿权5宗。大规模无序采探矿活动，造成祁连山地表植被破坏、水土流失加剧、地表塌陷等问题突出。
7月20日，中共中央办公厅、国务院办公厅就甘肃祁连山国家级自然保护区生态环境问题发出通报，责成甘肃省委和省政府向党中央作出深刻检查。
两办发布通报4天后的7月24日，甘肃省十二届人大常委会第三十四次会议听取了省人民政府关于《甘肃省祁连山国家级自然保护区管理条例（修订草案）》的说明。《条例（修订草案）》增加了7类禁止性活动，形成了禁止在保护区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙等10项禁止性活动。
7月25日，甘肃省公开中央环境保护督察整改方案。方案细化分解出62项问题，逐一明确整改目标、整改时限、责任单位、责任领导、责任人员、督导单位和270项整改措施，建立台账、挂账销号，挂牌督办、跟踪问效，多方面推进整改任务落实。
方案提出，今年停止祁连山自然保护区内的所有探采矿活动，2018年底前全面清理退出，2020年前全面消除自然保护区内矿山地质环境问题。今年9月底前，祁连山区域内水电站生态环境问题得到全面整改，对祁连山区域范围内159座水电建设项目进行全面排查，重点核查审批环节是否规范，审批手续是否齐全等问题，并督促水电站业主单位安装取用水和生态流量泄放计量监控设施。
同时，对祁连山自然保护区内42座水电站开展水资源论证复评工作，重点对各水电站发电取水量和最小下泄生态流量进行复核，形成《祁连山自然保护区水电站水资源论证复评报告》。对祁连山保护区范围内42座水电站建立引水和生态下泄流量监控系统，实现在线监控，完成水利、环保信息平台的对接共享。
此外，整改方案要求，加快未完成整改项目的进度，综合施策，确保各类违法违规设施全部清除到位，植被破坏点得到及时修复，生态破坏问题全部得到有效整改。张掖市、金昌市、武威市今年12月底前完成整改。
