核电、风电装备等国家重点工程往往需要通过超限运输来运输电机、转子、叶片等大型不可解体货运。有重点企业反映：大件运输等超限运输普遍存在车牌合法政策不明确，资质申请困难跨省运输协调难，罚款多且乱的问题。
现在交通运输部已经有了解决方案。8月15日交通运输部发布《推进供给侧结构性改革促进物流业降本增效若干意见》(下称《若干意见》)，并同步编制了落实《若干意见》三年行动方案。《若干意见》中，由公路局牵头，法制司和运输服务司参与制定《超限运输车辆行驶公路管理规定》的修订工作，开展跨省大件运输并联许可试点工作。在2017年底，全国大件运输许可平台正式投入使用，实现跨省大件运输许可网上办理和并联审批，到2018年，大件运输的政策瓶颈基本消除。
据中国物流与采购联合会发布的《2015年度物流企业负担及营运环境调查报告》(下称《调查报告》)显示,由于物流业涉及行政审批和许可的管理部门较多，同一经营事项往往涉及多个部门，而审核人员对手续要求和标准不统一，因此存在多头管理，重复审批的现象，人为的增加企业运营和管理成本，对于相同审批事项在各地审批条件不统一，程序不规范，材料不通用，系统不共享，企业在不同地区的审批规范规则也不尽相同，往往需要多次报送。
此次《若干意见》三年行动方案中，由法制司牵头，政策研究室、综合规划司、公路局、水运局、运输服务司和海事局共同参与。到2018年，简化道路运输经营许可证年审手续，优化道路运输从业资格考核制度，完善行政许可网上办理平台，到2018年，形成使用便捷、覆盖全面的行政许可网上办理平台。
对于危险货物的运输，将实现危险货物运输车辆联网联控应用上线率95%以上。
《收费公路管理条例》进入修订阶段
这次发布的三年行动方案将各项重点任务细化为29项具体工作，并明确牵头部门，参与部门的目标及完成时间。
这份方案分为五个部分29项具体工作，其中涉及了物流企业最为关心的行政审批及收费问题。在继续加大简政放权力度方面提到2018年将建成形成使用便捷、覆盖全面的行政许可网上办理平台，实现跨省大件运输许可网上办理和并联审批。
其中，公路和港口的收费问题一直是各界最为关注的问题。
与公路收费相比，《港口收费计费办法》也已经进入落实阶段，2015年底，交通运输部会同国家发展改革委制定实施了《港口收费计费办法》大幅精简合并了收费项目，收费项目从原来的45项减压到18项，降低了收费标准，其中港口设施保安费减半征收，减轻了进出口企业和海运企业的负担，每年合计减负10亿元，清理和废止一批港口收费规范性文件，使港口收费更加清晰明了，加大对港口收费行为的监督检查对违规行为进行核实处理。
这次公布的《若干意见》三年行动方案中，提到将由水运局牵头继续落实《港口收费计费办法》，规范港口经营服务性收费行为，到2018年港口收费进一步规范合理。
澎湃新闻发现，在完善公路收费管理和监督执法方面，《收费公路管理条例》的修订工作写入三年行动方案中，该收费标准的制定由法制司牵头，公路局作为参与部门，将在三年内持续推进《收费公路管理条例》修订工作。
在对收费项目的监督执法方面政策执行的更进一步，由公路局牵头，明确推动制定高速公路车辆救援指导价，到2018年，进一步规范高速公路车辆救援服务收费行为，杜绝高速公路车辆救援乱收费现象。
对于物流企业及货运司机普遍反映的货运车辆通过ECT收费口，实行反复称重计费的问题，无法实现不停车收费，通行效率低下。此次《若干意见》三年行动方案中，确定由公路局牵头，到2018年标准货运车型ETC技术推广应用将取得实质性突破。
快递“上车上船上飞机”
《若干意见》提出2020年之前，建成经济便捷、高效优质的交通运输物流服务体系，铁路货运集装箱运输比例达到15%左右，重点港口集装箱铁水联运比例年均增长10%左右。
为了发展多式联运，《若干意见》三年行动方案中已经明确时间表。
2016年8月前，形成《关于推进多式联运发展的若干意见》(送审稿)。这份送审稿主要内容是推进铁水、公路、陆空等多式联运发展，重点支持以集装箱、箱式半挂车为标准运载单元的联运组织形式，提高一体化衔接水平和中转换装效率。
这份送审稿由运输服务司牵头拟定，参与部门涉及法制司、综合规划司、水运局和科技司。
另一项推动快递“上车上船上飞机”的具体政策是有运输服务司牵头，综合规划司及水运局参与拟定的示范工程打造计划。
具体目标是：到2017年，形成15个左右辐射带动效应明显的多式联运示范项目，推动一批快递“上车上船上飞机”，进而提高快递的效率并降低成本。
