1、管理职能尚未得到充分发挥。
会计电算化发展初期侧重核算职能，随着发展的深入，逐步过渡到“管理型”和“决策型”职能阶段，当今与企业整体管理决策支持系统相统一的ERP阶段是会计电算化发展的一个主流趋势。但现阶段，我国的企业中采用“管理型”和“决策型”财务软件的较少，采用ERP的企业就更少。
2、政策、法规尚待完善。
我国财政部在1994年相继颁布《关于大力发展我国会计电算化事业的意见》、《会计电算化管理办法》、《会计核算软件基本功能规范》、《会计电算化工作规范》等文件，但由于规章的级别和执法力度不够，致使相当部分的会计人员根本就不知道法规的具体内容，发生的违法违规行为也缺乏相应的监督监管条例和专门的监管部门。
随着会计电算化的高速发展，会计电算化犯罪也逐渐显现，如何防范和规治这种高科技、新技术新型犯罪成为我国普及电算化进程中不应忽视的一个问题。国家有关部门应引起重视，制定专门针对会计电算化操作的法律法规，对会计电算化工作有规范，有监督，有惩处，使之早日纳入法制轨道。
3、操作人员素质亟待提高。
会计电算化作为一门涉及计算机学、管理学、会计学、信息学多个学科的应用技术，对实际操作人员的业务水平要求较高，既要有良好的会计素养，深刻理解电算化软件处理账务的原理，又要熟练掌握计算机基本操作。但现在的实际情况是，大多数单位的电算化人员是由过去的会计人员经过短期培训上岗的。他们年龄结构偏高，往往对会计业务较熟悉但对计算机知识接受较慢，对软件的掌握仅停留在简单操作阶段。一旦计算机出现故障，常常会束手无策，就更难涉及进一步的系统分析、设计、维护等复杂的工作了。所以要想充分发挥会计电算化的优越性，发挥会计电算化的省时高效的优点，就不仅要培养操作人员的会计业务素质，而且要培养软件维护、分析技能，培养会计、计算机跨领域的“双精”人才。
4、网络化程度有待提高。
目前我国会计电算化网络化已经取得初步进展，比方说企业已可以实现网上报税，申报信息通过IC卡无纸化传递，但仍要看到，企业和企业之间无法联网，企业与财政、银行等综合管理部门的联网也尚需完善。可以说，建立一套服务于企业，惠及全社会的财务信息传输网络，提高数据发布的及时性，节约中转成本，成为当前会计电算化发展的当务之急。
5、安全、保密性差。
现今的会计电算化处理系统大多还存在一些漏洞，致使企业财务信息系统的安全性、保密性、可靠性较差。众所周知，财务数据是一个企业的商业机密，窃取它或将威胁一个企业的生存和发展。程序在现阶段还存在着一些保密隐患。数据库技术的高度集中，未经授权的人员可以通过计算机和网络浏览全部数据文件，复制、伪造、销毁企业重要的财务数据。目前市面上的软件制造企业真正着力于研究数据保密、防盗窃问题的厂家寥寥无几。一般意义上的加密，也无非是对软件本身的加密，防止盗版。
